Τα πιο γνωστά αυτοάνοσα νοσήματα είναι ο ερηθυματώδης λύκος και η γυροειδής αλωπεκία.Είναι νοσήματα στα οποία για άγνωστο λόγο ο οργανισμός στρέφεται εναντίον του εαυτού του Τα δυο αυτά νοσήματα δημιουργούν κενές περιοχές στο τριχωτό. Η διάγνωση πρέπει να γίνεται από δερματολόγο και να ακολουθεί στη συνέχεια θεραπευτική αγωγή. Προκαλούν απώλεια τριχών που άλλοτε επανεκφύονται και άλλοτε όχι και κυρίως όταν υπάρχει μόνιμη καταστροφή ριζών. Αυτό συμβαίνει συχνότερα στον ερηθυματώδη λύκο. Η μεταμόσχευση μαλλιών έχει θέση στα αυτοάνοσα νοσήματα υπό προϋποθέσεις που είναι οι εξής: Να έχει περάσει τουλάχιστον ένα έτος από την εμφάνιση της νόσου ώστε να αποκλειστεί η αυτόματη επανέκφυση τριχών. Οι υπάρχουσες απώλειες μαλλιών να είναι σταθεροποιημένες και να μην εμφανίζονται νέες. Η δότρια περιοχή να μην εμφανίζει μεγάλη αραίωση, ή εντοπισμένη πλήρη απώλεια μαλλιών Πρέπει να έχει προηγηθεί θεραπεία τουλάχιστον στον ερηθυματώδη λύκο. Η αποκατάσταση των μαλλιών στα νοσήματα αυτά μπορεί να μην έχει τα καλά αποτελέσματα που έχει αλλού αλλά είναι και η καλύτερη λύση εκτός από γενικευμένες σε έκταση βλάβες που χρειάζονται πρόσθετο.